Dezallier d’Argenville, op. cit., p
9. Germain Brice, op. cit., t. I, 1752, p. 195-196. Pierre Marcel, Inventaire des papiers de Robert de Cotte... conservés à la Bibliothèque nationale, Paris, 1906, p. 215, attribue aussi à François d’Orbay le banc d’œuvre de Saint-Germain l’Auxerrois. Albert Laprade, François d'Orbay, architecte de Louis XIV, Paris, 1960, p. 247-248, ne se prononce pas sur cette attribution.
Les deux retables que possède l’église sont des apports du siècle dernier. L’un, placé dans la quatrième chapelle au nord de la nef (aujourd’hui chapelle de la Compassion 4) est un ouvrage flamand, en bois, de la fin du xve siècle, d’origine anversoise ; il a été acheté en 1839 ou 1840 à l’église de la Flamengrie (Aisne) 1 2, ou, selon Troche 3, à un antiquaire, Louis de Bruges, qui le tenait lui-même d’un brocanteur de Bruxelles; il proviendrait d’une église conventuelle de Belgique. Il subsiste dans l’église de la Flamengrie et à son annexe de Roubay trois retables de la même époque; le chanoine Abgrall 4 a, d’autre part, signalé deux retables analogues à celui de Saint-Germain l’Auxerrois : celui de la cathédrale de Rennes et celui de Kerdévot-en-Ergné-Grabéric 5, lequel est originaire d’Anvers. Le second retable de Saint-Germain l’Auxerrois se trouve au revers du grand banc d’oc livre, le long du bas-côté nord, à la hauteur de la chapelle de la Compassion; c’est un grand triptyque lui aussi d’origine flamande, datant sans doute de la première moitié du xvie siècle, aux multiples sculptures en bois; les volets en sont peints extérieurement et non sculptés.
Selon Troche 6, l’église Saint-Germain l’Auxerrois fut pourvue d’orgues au moins dès le règne de Charles VI. En 1402, l’organiste était un prêtre du nom de Guillaume Burgundi. Les délibérations capitulaires ne nous apprennent rien de l’instrument qui, au dire de témoins oculaires qu’a connus Troche, aurait été installé au-dessus de la première arcade, à gauche en entrant dans la nef. Tout au plus trouve-t-on quelques mentions relatives à l’organiste : en 1571, Jean le Sec junior est nommé organiste, aux charges et émoluments habituels 7; en 1622, sur demande de l’intéressé (dont le nom n’est pas indiqué), le traitement de l’organiste est porté de 20 à 24 écus par an, à charge de « nettoyer et accommoder les orgues quand il conviendra jouer » 8. Le grand orgue actuel, installé au-dessus du grand arc de la porte principale, provient pour l’essentiel de la Sainte- Chapelle du Palais : en 1790, les marguilliers de Saint-Germain l’Auxerrois saisirent l’occasion que leur offrait la suppression du chapitre de cette chapelle royale d’enrichir leur église ; la mise en place de l’instrument se fit dans le courant de 1791; on s’aperçut bientôt que cet orgue était trop grêle et on l’augmenta de plusieurs jeux des orgues de la collégiale de Saint-Honoré et de la chapelle de l’École militaire; bien vite ce furent les troubles de la Révolution, l’église fut fermée et transformée pour un temps, on l’a vu 9, en fabrique de salpêtre. L’orgue en souffrit beaucoup; l’explosion de la poudrière de Grenelle, en l’an II, acheva de le détériorer; plusieurs réparations successives furent nécessaires au cours du xixe siècle pour le remettre en parfait état 10.