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Semblable état de choses ne pouvait durer. Aussi, lorsque Vallot succéda à Vaulier, son premier Soin, comme surintendant, fut de se débarrasser de Bouvard fils, de maniëre à rendre aux choses leur aspeel antérieur. Tout d'abord, il fallait recueillir de nouvelles plantes pour remplacer celles qui avaient péri. Vallot confia celte tâche au jeune Guy-Crescent Fagon qui avait offert ses services.
Bien qu’absorbé par ses études médicales, ce dernier n'avait point désappris le chemin du Jardin Royal, où ilavait fait ses premiers pas. Il venait y passer ses instants de loisir, cherchant ainsi à compléter ses connaissances en botanique. Son assiduilé et son savoir attirèrent l'attention, et c'est ainsi que le petit neveu de Guy de la Brosse fut appelé à poursuivre l'œuvre de son grand oncle.
Pour enrichir le Jardin Royal, Fagon fit plusieurs voyages, séjournant en Auvergne, en Languedoc, en Provence, parcourant la Suisse, les Alpes, les Pyrénées, les Cévennes... Au cours de ces diverses excursions il fit une abondante récolte de plantes ; leur choix judicieux mit en relief ses aptiludes de botaniste et d'organisateur. Et quand, de retour à Paris, il classa avec l'aide de Joncquet les végétaux rapportés, le Jardin reprit rapidement son aspect florissant d'autrefois.
Entre temps, Fagon fut reçu docteur.
C'est alors que, décidé à se créer un foyer, il épousa
en 1664, damoiselle Marie Mazereau dont le père était