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Gomme le dit Fontenelle, dans l'éloge prononcé à l’Académie des Sciences . « Les premiers objets qui s’offrirent à ses yeux, ce furent des plantes, les premiers noms qu'il bégaya, ce furent des noms de plantes. La langue de la botanique fut sa langue maternelle. »
C'est vraisemblablement dans ce milieu qu’il prit pour la Botanique la passion qu’il conserva toute sa vie, et à laquelle il sMdonna à la fin de sa vie.
On le place alors au collège Sainte-Barbe où il fait de brillantes études. Le Docteur Gillot, en date et en nom l'un des premiers organisateurs de la nouvelle Sorbonne, ami de Guy de la Brosse l'oriente vers les sciences médicales. Il est inscrit à la Faculté et aborde la Médecine avec enthousiasme.
Nous ne savons rien de très précis sur le temps qui s’écoule entre sa sortie du collège Sainte-Barbe et le moment où il reçoit son bonnet de Docteur, le 9 décembre 1664. Vie d'étudiant studieux sans doute, qu’il termine par un acte d'une audace assez significative : il soutient sa thèse devant la Faculté de Médecine de Paris et ose s'y poser la question : « An a sanguine impulsumcor salit ». Sans souci du dogmatisme local, il ose soutenir la doctrine de la circulation du sang dont quarante années d'épreuves confirmatives ne pouvaient encore imposer la réalité.
Ce fait témoigne d'une vigueur d’esprit et d'une hardiesse de pensée qui eût bien pu coûter fort cher au jeune médecin.
Heureusement pour lui, sa témérité n'eut pas le retentissement qu’elle méritait; loin d’attirer sur lui les foudres
de la Faculté, il fut félicité ; les vieux docteurs ne virent là qu’un élégant exercice d’école et jugèrent qu’il avait « soutenu avec esprit un étrange paradoxe ». Malheureusement nous ne possédons pas cette thèse. Ce point capital de la physiologie l’arrêta peu de temps, mais il resta préoccupé de cette idée et à diverses reprises nous la voyons reparaître dans ses écrits. Dans une th èse du 30 janvier 1681, il se demande : « Confert ne ventriculi motus ad elaborationem chyli » et il répond par l’affirmative. Un peu plus tard, il suggère à Tournefort d’étudier « an ab ex lege circuitu morbi ».
Application de la même idée à la Pathologie.
En somme, Fagon s’en était tenu à la discussion en termes de logique d’une idée d’actualité brûlante sans songer à demander une réponse à l’Anatomie et à la Physiologie expérimentale.
Son effort, à cette époque, se concentrait d’ailleurs presque entièrement sur la Botanique. Il poursuit ses études dans le Jardin fondé par son grand-oncle; aussi, dès la soutenance de sa thèse est-il appelé par Antoine A a Ilot, premier médecin du Roi pour professer à la chaire de Botanique du Jardin. Cette chaire comportait un double enseignement, celui de la Botanique et celui de la Chimie, considérée comme branche accessoire de la première. Nous concevons assez mal aujourd’hui cette association. Au xvne siècle, elle était parfaitement logique puisque la chimie se bornait à l’étude des produits fournis par les végétaux.
De nombreux auditeurs affluèrent au cours du jeune Docteur et « comme il avait peuplé de plantes le Jardin,
il le peupla aussi de jeunes botanistes que ses leçons y attiraient de toute part. »
Sa réputation devint de jour en jour plus grande ; tous les étudiants de Paris affluèrent sur les bancs pour l’entendre, sa renommée commençait même à porterombrage aux jaloux. Fontenelle nous raconte l’incident de la thériarque : « Quelques collègues envieux imaginèrent de changer au dernier moment les plantes sur lesquelles devait porter le cours; Fagon s’en aperçut, n’en témoigna d'aucune surprise et fît à Fimproviste un cours complet sur la thériarque qu’on avait substituée aux spécimens prévus».
Après avoir reclassé avec soin les collections, il entreprend d’enrichir encore le jardin des espèces de Province. A ses frais, il voyage en Auvergne, en Provence, en Languedoc. Il va étudier la flore des montagnes sur les Alpes et sur les Pyrénées. C’est probablement au cours d’un de ses voyages qu’il rencontra pour la première fois Mme de Maintenon. Celle-ci connaissait la réputation du jeune savant lorsqu’il lui fut présenté. Elle conduisait aux eaux, un des fils naturels du Roi. Nous avons à ce sujet une lettre de Mme de Caylus.
Elle nous paraît tellement significative que nous pensons ne pouvoir mieux faire que d’en citer un fragment :
« Le plus grand plaisir qu’Elle goûta (Mme de Maintenon) dans ses différents voyages fut de ne plus être à la Cour. Elle en trouva un autre dans la conversation de M. Fagon. Plus M. Fagon vit Mme de Maintenon de près, plus il admira sa vertu, et goûta son esprit. Je le
ciLe comme un bon juge du vrai mérite ». Nous verrons par la suite quel rôle capital cette sympathie spontanée qui devint toute puissante devait jouer dans la fortune ultérieure de Fagon.
De retour à Paris, il collabore activement à l’établissement du Catalogue général, véritable monument de l’Histoire de notre Jardin des Plantes. L’ouvrage, men- - Donnant plus de 4.000 espèces de plantes, parut en 1665 sous le titre de « Horius regius » parsprior. Parisüs 1665 in-folio.
En tête, outre un frontispice gravé, deux-cent-neuf vers signés de Fagon et dédicacés, en hommage au grand Roi, immédiatement suivis d’un autre poème dédié au restaurateur du Jardin : « Carmen gratulationis illustrissime) horti regü restauratori Vallot, archiatro ram principi ».
« J’espère, annonce Yallotà sa Majesté, augmenter le nombre de vos plantes de plus de 2.000 des plus rares et des plus curieuses de la terre dont une bonne partie nous sera envoyée par le soin de cette belle et généreuse navigation qu’elle a voulu si glorieusement entreprendre en faveur de ses peuples et pour étendre la grandeur de son nom ».
Une épître aux lecteurs sert de guidé analytique et est immédiatement suivie de la table des noms techniques des espèces, des genres et des individus rassemblés par Fagon et les botanistes les plus distingués de l’époque, Vespasien, Robin et Jonquet.
Il exerce la médecine dans Paris pendant les loisirs que lui laissent ses occupations scientifiques. Si ses
contemporains ont eu des duretés pour lui ; ils sont unanimes à reconnaître son désintéressement absolu, F ontenelle a consacré ce dévouement et ce désintéressement dans une phrase qui peut rester à l’honneur du médecin : « Il ne se proposait que d’être utile et de s’instruire pour l’être toujours davantage ». La réputation que lui avaient acquis son dévouement et son s avoir accrut encore celle que lui avait faite son enseignement. Neveu de Guy de la Brosse, médecin ordinaire de Louis XIII et petit-fils d’un médecin de Henri IV, il semblait dès lors tout désigné pour être appelé à la Cour. Dès 1680, le Roi conseillé peut-être par son épouse secrète le choisissait pour être premier médecin de Mme la Dauphine. La porte était ouverte à sa jeune et forte ambition ; les circonstances, puis les puissantes protections qu’il s’est acquises vont rapidement faire sa haute fortune officielle.
Trop absorbé par les obligations de sa vie médicale et par ses devoirs de courtisan, il doit abandonner la
chaire de Botanique qui sera confiée à son élève et ami Tournefort. De loin, il continuera à guider les travaux et à suggérer les recherches. Sur son instigation, Louis XIV enverra Plumier en Amérique, Feuillière au Pérou, Lippi en Egypte et en Grèce, Tournefort en Asie, réalisant ainsi le programme tracé par Vallot aux premières pages de VHortas regius.
C’est d’un de ces voyages lointains que Tournefort
rapporta la rosacée à laquelle il donna en respectueux
hommage le nom de Fagonia qu’elle porte encore aujourd’hui.
Ainsi, comme le disait Fontenelle, Fagon resta toujours et avant tout l’ami des plantes, si bien que sous sa haute protection le Jardin royal ignora «les malheurs du reste de la France ».