Lit. ann. 1586-87, p

La ville de Lyon ne fut point épargnée. De 1580 à 1588, différents fléaux l’affligèrent. Le collège de la Trinité eut à subir, durant ces années désastreuses, de multiples dispersions. Les registres consulaires nous apprennent, à la date du 6 juin 1580, « qu'il règne une maladie vulgairement appelée coqueluche, laquelle, quoique non mortelle, est cependant contagieuse ». Et les magistrats arrètent « de suspendre les leçons du collège des Jésuites! ». Cette maladie fut comme un avant-coureur de la peste qui vint, l’année suivante, s’abaltre sur Lyon et y causa autant de ravages qu'en 1564. Une partie des Pères durent chercher un refuge dans les villes voisines, tandis que les autres exposaient leur vie pour secourir les mourants. Le P. Auger, prédestiné à être le consolateur de cette malheureuse population, fut des premiers à offrir ses services aux consuls. Il leur suggéra l'idée d'ordonner des supplications publiques afin d’'apaiser la colère de Dieu. Au son de la cloche, les personnes qui ne pourraient se rendre à l'église, se mettraient en prières dans leurs maisons. Cette prière unanime, Auger la recommandait en chaire comme un remède puissant. Claude de Rubys, un témoin, a relaté, dans son Histoire véritable de la ville de Lyon, le zèle industrieux du célèbre jésuite : « Durant cette contagion, écrit-il, le bon Père Émond Auger fit un devoir admirable d'assister les poures (sic) affligés de peste, les visiter, prescher, consoler et dire la messe devant eux, dans un estaudiz qu'il fit à ces fins dresser sur le portail de l'hospital de St-Laurens, comme il faisoit de même à l’endroict de ceux qui estoient ès cabanes que l’on avoit dressées au pré d’Aysnay. Il fit, à limitation de saint Paul et des apostres, une collette des aumosnes des gens de bien, desquelles il dressa un magasin où il y avoit chemises, chausses, pourpoincts, souliers, chapeaux, manteaux d’où (sic) 1l revestoit ceux qui, ayant faict leurs quaranteines, estoient licenciez hors desdites cabanes pour se retirer en leurs maisons, qui fut une grande et belle hospitalité 2. »

En 1582, raconte le même auteur, « comme la ville fut derechef assaillie par la peste, Les eschevins, par l’advis et sage conseil du bon Père Émond Auger, firent un vœu solennel à Notre- Dame de Lorette, pour aller rendre lequel au nom de la ville, Je fus choisi et député pour le don de ma charge et comme procureur général de ladite ville, avec le P. Émond et messire André