Cf. Prat, Maldonat, p
1571; la seconde, de 1571 à 1572; la troisième, de 1572-à 1573. Il avait commencé l'exposition de la quatrième partie, de 1573 à 1574, lorsque ses ennemis, fatigués de ses triomphes, lui suscitèrent une scandaleuse querelle! qui le forca de suspendre son Cours.
9. Les leçons de Maldonat avaient imprimé à l’enseignement théologique une vigoureuse impulsion, que les suprêmes efforts de la routine ne parvinrent pas à enrayer. Le protestant Hubert Languet, agent du duc de Saxe, écrivait de Paris à Camerarius, le 26 août 1571 : « Les Jésuites font peu à peu tomber les Sorbonistes dans le mépris. » Puis, constatant que le collège de Clermont était le plus florissant de la ville, il ajoutait : « Ses professeurs surpassent tous Les autres en réputation?. » En effet, si Maldonat eut la plüs large part dans la prospérité du collège de Clermont, tous les autres régents, à des degrés divers, contribuaient à ce beau résultat. Parmi les trois mille auditeurs qui suivaient assidüment les classes, six cents environ se pressaient autour de la chaire de Mariana; plus de cent assistaient au eours de langue grecque, qui avait lieu dès six heures du matin; quatre cents au moins fréquentaient le cours de philosophie du P. Nicolas Le Clerc; le cours de belles-lettres, confié aux PP. Valentini et Majoris, en réunissait environ cinq cents; et les régents des classes inférieures, parmi lesquels se distinguait le P. Alexandre Georges, n'étaient pas au-dessous de la réputation des autres professeurs”.
Les pensionnaires se présentaient en grand nombre : « Nous n'avons pas de place pour tous, écrivait alors le P. Olivier Manare, et nous avons bien de la peine à faire agréer nos refus par d'illustres personnages et les plus grands amis de la Compagnie{. » Le P. Edmond Hay se plaignait, à son tour, d’être accablé par la multitude des pensionnaires et des externes’. Le nombre des écoliers augmentant toujours, on dut acquérir plusieurs bâtiments dans le voisinage du collège; mais en attendant qu'on les eût appropriés à leur destination nouvelle, les élèves