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Après un séjour de quelque temps à la cour de Marguerite de Navarre, il put rentrer à Paris, grâce à la protection de cette princesse. C'est là qu'eurent lieu ses premières discussions avec Michel Servet, et où il composa son premier ouvrage « Traité de l'état de l'âme dans l'intervalle de la mort à la résurrection ».
Craignant de nouveau la prison, il alla se fixer à Bâle, déjà acquise à la réforme. Ce fut dans cette ville, à l'âge de vingt-sept ans, qu'il publia son principal ouvrage : « De l'institution de la religion chrétienne. > Cet ouvrage
s'adressait à la politique et à l'humanité de François I*'. Il démontrait ou cherchait du moins à démontrer que la réforme n'était autre chose que le christianisme ramené à son principe; qu'elle en acceptait tous les dogmes; qu'elle rejetait de son sein toutes les hérésies; qu'elle était une doctrine d'ordre et formait une Eglise fortement constituée; qu'elle désavouait les hérétiques et les frappait d'excommunication. Ces déclarations prouvent que dès le début la réforme n'était pas plus tolérante que la papauté.
Ce manifeste, publié et traduit dans toutes les langues de l'Europe, devint en quelque sorte le code du calvinisme. Les principes de la nouvelle doctrine y étaient tracés avec netteté et précision.
Calvin, en matière de discipline ecclésiastique, avait conservé les grands moyens de l'Eglise : le pouvoir de rexcommunication et la punition des hérétiques. Il ne tarda pas à s'en servir avec rigueur et cruauté.
Retiré à Genève, Calvin donna à la réforme une influence européenne. En 1541, dans une assemblée du peuple et des .magistrats, il fit adopter sa loi sur l'organisation de l'Eglise de Genève.
Cette loi instituait un tribunal ou consistoire, composé d'ecclésiastiques et de laïques, ayant pour droits et devoirs de surveiller les actes, les discours et les opinions des citoyens, d'admonester, de censurer, d'excommunier et d'accuser les fidèles devant l'autorité civile. Cette loi établissait sur la vie des citoyens des droits que l'Eglise romaine n'avait jamais exercés dans cette mesure. Tout fut réglementé dans les familles, jusqu'à l'habillement et la cuisine.
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