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En réalité cependant, le cours de la Réforme ne s'était pas arrêté. Quel qu'eût été le peu de zèle du pontife, son apathie même avait servi. S'il n'avait agi en bien ni en mal, il ne s'était pas exercé à détruire. En somme, toutes les aspirations du précédent pontificat durent chez ceux qui les avaient sérieusement nourries. Archinto reste en place jusqu'en 1553 ^ Michèle Ghislieri, le théologien énergique et pur, le futur saint Pie V, remplace Teofilo da Tropea dans la charge de commissaire général du Saint-Office en 155 1 '. Avec lui, l'activité de l'Inquisition redouble, loin de se relâcher^. D'autre part, une commission cardinalice rédigeait un projet de la Réforme de l'Eglise, dont on a pu dire qu'il était le résumé de tous les projets antérieurs et l'aboutissement de tous les efforts tentés depuis le concile de Latran 4. Enfin les conclaves qui suivirent la mort de Jules III (23 mars 1555) portèrent successivement au pouvoir les plus qualifiés des cardinaux réformateurs, l'excellent Marcel II, qui ne dura que 22 jours, puis le terrible Paul IV (23 mai 1555-19 août 1559).
Quant à la Compagnie de Jésus, pendant ce temps, la fondation du Collège germanique (31 août 1552) et celle du Collège romain (28 octobre 1553) signalent dans Rome le changement de front remarquable qu'elle opère ^. Vouée jusqu'alors aux œuvres de la mission intérieure, catéchismes, prédications et assistance, elle se transforme en un corps enseignant et militant, avec le dessein de s'imposer aux princes et d'en imposer à l'hérésie par le prestige de la culture. Aux mains d'Ignace achève de se forger l'instrument de la domination universelle et l'arme des controverses décisives. Les deux brefs de Jules III en faveur de la Société (21 juillet 1550 et 22 octobre 1552) confirment tous ses privilèges antérieurs, mais sont remarquables surtout par l'ample mention de ses collèges et par la faculté qu'elle obtient de conférer les grades universitaires ^.
Seulement, la conséquence de cette extension générale de son influence qu'elle prépare, c'est que la Compagnie se resserre dans Rome