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Lors de la démolition de l'église de l’ancienne commanderie des Antonins, établie à Chalon en 1289, on trouva, suivant Batault, « une inscription lapidaire de 1407, disant qu'une ancienne confrérie de secours mutuels avait siégé dans cette église, à la décoration de laquelle elle contribua largement. Cette confrérie était sous le vocable de saint Sébastien et avait été fondée en 1347, à la suite d’unecontagion qui avait décimé la population chalonnaise. Elle choisit l’église des Antonins comme siège de ses séances, parce que l'hôpital de cette maison était spécialement destiné au soulagement des pestiférés et contagiés. » Parmi les dévouements qui se levèrent au secours des malades, on ne saurait oublier celui de Jeanne de Bourgogne, femme du roi Philippe VI de Valois et fille du duc Robert II, et celui de la duchesse de Normandie, sa belle-fille, qui prodiguèrent leur assistance aux malheureux et moururent victimes de leur charité.

Une dizaine d'années plus tard, la première dynastie des ducs héréditaires de Bourgogne s’éteignit en la personne de Philippe de Rouvres, douzième et dernier duc de la race capétienne. Philippe le Hardi, fils du roi Jean II et dont on connaît l’héroeïque conduite à la bataille de Poitiers, alors qu'il n'avait que quatorze ans, inaugura, peu après, la dynastie de la maison de Valois.

La peste reparut pendant les dix dernières années de ce siècle ; l'évêque d’Autun dut quitter Issy-l'Evêque et se réfugier à Thoisy. La mortalité fut si grande que l'on fut obligé, en 1399, de faire un nouveau recensement, « parce que la plus grande partie des personnes tenant

MR feux dans le duché étaient mortes et leurs feux éteints ». Beaune fut de nouveau décimé ; à Volnay, douze maisons furent entièrement dépeuplées de leurs habitants et il n’y eut aucune famille qui n’eût à pleurer la perte de quelques-uns de ses membres.