Batault, p
favorables aux Jésuites en appelèrent au Conseil privé et envoyèrent à Paris un député pour soutenir leur droit !. Prévoyant toutefois une longue procédure, ils renouvelèrent pour six ans les pouvoirs du principal qui tenait alors le collège.
En 1624 les Pères de l’Oratoire s’offrirent pour le remplacer; la ville hésita, malgré l'appui que leur donna le gouverneur, marquis d’Uxelles. L'affaire mise en délibération dans plusieurs assemblées générales souleva de vives discussions, les uns tenant pour les Oratoriens, les autres pour les Jésuites?. Aucune décision ne fut prise jusqu’en 1632.
A cette époque, le prince de Condé devenu gouverneur de la Bourgogne visita les principales villes de sa province. Arrivé à Chalon, il demanda au sieur Mathieu, avocat, et au sieur Virey, maire, où en était l'affaire des Jésuites. Sur leur réponse qu’on n'en parlait plus, il attendit pour s'en occuper une occasion plus favorable, mais, en prévision de l'avenir, il sollicita du roi des lettres patentes qui lui furent délivrées au mois d'août 1632. En décembre, devant faire comme nouveau gouverneur une entrée solennelle dans la ville, il pria le P. Filleau, provincial de Lyon, de s’y trouver en même temps que lui. Pendant leur séjour une assemblée générale des habitants fut convoquée par ordre du prince. Lui-même s’y rendit accompagné de M. de Thou, maitre des requêtes et intendant de la justice en Bourgogne. Dès qu'il fut assis, il fit lire les lettres patentes de Sa Majesté et une autre à lui personnellement adressée pour lui en recommander l'exécution; cette lecture terminée, il déclara n'être venu que pour « faire entendre aux assistans la volonté et intentions du Roy », touchant l'établissement des Jésuites, que partant «il n’est question en ladite assemblée que d’adviser les charges et conditions auxquelles on désire traicter avec eux ». Puis il se retira laissant « l'assemblée libre d'oppiner et résoudre présentement sur ce subject », mais la priant « de les vouloir favorizer puisqu'il le désire et qu’il leur a d'obligation (sic) ».
« Sur quoy, lisons-nous dans le procès-verbal, les opinions considérées et veues, à la pluralité a esté résolu que humbles remonstrances seroient faictes à monsieur le prince, pour faire sursoir ledict establissement et mesme la prinse de possession