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Le 10 mai, l'archevèque de Bourges, M“ Antoine Vialart, donna son consentement, et le 28 du même mois, Charles IX accorda des lettres patentes. Le Parlement ayant fait quelques difficultés pour les enregistrer, il en fut expédié de nouvelles le 8 octobre, mais adressées seulement au bailli du Berry, lequel mit, le 9 décembre 1573, les Jésuites en possession du collège et des revenus qui y étaient attachés, à l'exception de la première dotation de l'école Sainte-Marie, car Marguerite de France, duchesse de Savoie et de Berry, avait formé une opposition dont l'instance était encore pendante en la cour!.

Toutefois l’archevèque n'avait donné son consentement qu'à certaines conditions qui, mal interprétées, auraient pu paraître inacceptables. Le collège devait être soumis à sa vesiafion et obéissance, et placé sous la direction du recteur de l’Université, à laquelle il serait incorporé et dont il devrait observer les statuts. Les Pères ne pourraient, sans l'autorisation du prélat, prêcher, administrer les sacrements « et faire autres fonctions ecclésiastiques »; enfin ils recevraient des enfants en pension ?.

Le P. Auger, qui prêchait à Bourges l’avent de 1573, ne semblait pas considérer ces conditions comme incompatibles avec l'Institut; néanmoins, dans les lettres qu’il écrivit alors au P. Général, il s’efforça de lui en atténuer la portée, afin de les rendre plus acceptables : « Puisque les poincts d'importance sont vuidés libéralement, dit-il, je eroi que vous ne ferés difficulté de permettre qu'il y ait ici des pensionnaires à la mode de Turin ou environ; quant à la jurisdiction de l’archevesque, ce n'est que suivant le concile [de Trente], chose qui se passera mieux dans peu d'années; et l’Université [nous] faict instance d’estre comme les premiers d’icelle, suivant l’incorporation, sans aucune charge répugnante à nostre estat*.. Et quant à mettre, comme on l’avoit mis au contrat, que nous ferons gratis nos exercices, je confesse bien qu'il y eust falu joindre suivant leurs constitutions ; mais puisque le bon P. Hayus l’oblia, ne vous arrestés à cela, mon Père, car nous aurons, dans deux ans, toutes les déclarations que vous souhaiterés de ces petits accessoires qui ne doivent altérer le principal *, »