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La filtration s'effectue soit avec des filtres centrifuges, soit avec des filtres sur toile de coton.
On a étudié les deux procédés au point de vue de leurs conséquences sur la flore microhienne, l’arrêt des matières étrangères, la composition chimique et sur la matière grasse du lait ; mais il est un point dont il n’a été que rarement fait mention, c’est celui qui est relatif à la mousse. En effet, la filtration par centrifugation amène une production considérable de mousse. Le lait perd ses gaz naturels consistant en majeure partie en CO? et il s’enrichit en oxygène, ce qui est fâcheux. La filtration sur toile de coton devrait reprendre la ‘place qu’elle avait perdue. Cette filtration se fait sans battage du lait. Le filtre centrifuge retient peut-être un peu plus de matières étrangères que le filtre sur toile, mais la différence n’est pas assez grande pour que l’en ne préfère pas ce dernier. D'autre part, le filtre de toile est d’un
nettoyage facile et d’un débit plus rapide.