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Il est curieux que ce système soit celui du Droit canonique antérieur aux Décrétales. Et c'est encore avec les principes de la vieille Église que Calvin affirmera l'indépendance de la sienne dans ses rapports avec l'État.
Comme le Catholicisme, et pour les mêmes raisons, il proclame la séparation des pouvoirs. L'Église se confondelle avec l'État? Pas plus que l'âme avec le corps, la vie morale avec la vie physique. « Le royaume spirituel du Christ, écrira-t-il, et l'ordonnance civile sont choses distinctes l'une de l'autre 2*. » Le dualisme de notre nature implique le dualisme des sociétés. Toutes deux divines d'ailleurs, puisqu'elles sont l'œuvre d'une même volonté qui les a créées et les conserve. Mais à l' encontre de la théologie médiévale, Calvin ajoutera « toutes deux égales», car le dualisme n'implique ni primauté ni subordination. A l'Église, le spirituel, à l'État, le temporel. Dans son domaine, chacun est maître. Et du principe Calvin précise les applications.
A l'Église, nulle puissance publique qui lui soit dévolue ^^. Abus que posséder des seigneuries, lever l'impôt, commander des hommes d'armes, exercer la justice, comme cela se voit dans les pays fermés encore à l'Évangile. Abus, les privilèges conférés par les princes, quelque apparence de dévotion qu'ait eue' leur libéralité. Abus, les immunités dont se targuent les clercs. L'ÉgHse est sujette à l'impôt comme aux lois de son pays. Si elle-même a le droit de légiférer et de punir, règlements ou contrainte ne peuvent être que spirituels. L'Églisp ne commande qu'aux âmes. Tenir des geôles, prononcer des amendes, des confiscations, incarcérer à temps ou à vie, même ses propres clercs, c'est excéder son droit. La distinction des pouvoirs ne sera complète que quand le ministère sera ramené à sa véritable institution. — Comparons maintenant les droits de l'État.