Loi du 5 août 1920, article
du Ministre de l'Agriculture, et ne peut être révoqué que sur la proposition du Ministre de l’Agriculture et du Ministre des Finances 1. Le budget de la Caisse est arrêté par le Conseil d'Administration et approuvé par le Ministre de l’Agriculture et le Ministre des Finances après avis de la Commission plénière. Le compte administratif de l’ordonnateur et le compte de gestion du comptable sont soumis chaque année à la délibération du Conseil d'administration et à l’avis de la commission plénière ; le premier est définitivement réglé par décret ?. Les opérations de la Caisse Nationale sont, en outre, soumises à divers contrôles : celui de l’Inspection générale des associations agricoles et des institutions de Crédit mutuel, celui de l'Inspection générale des Finances, celui du contrôleur des dépenses engagées auprès du ministère de l’Agriculture, enfin le contrôle a posteriori de la Cour des Comptes.
Ces diverses dispositions montrent le double souci qui a guidé le législateur lors de la rédaction de la loi de 1920 : le désir de donner à la Caisse une large autonomie, tempérée toutefois par l’établissement d’un pouvoir de tutelle. Ce dernier, exercé par le Ministre de l’Agriculture, le Ministre des Finances, ou par leurs services, permet d’écarter tout danger de mauvaise gestion. L’autonomie, au contraire, confère à la Caisse toute la liberté nécessaire pour exercer pleinement son rôle. Elle peut notamment servir de chambre de compensation entre les diverses caisses, recevoir les excédents de dépôts des unes pour suppléer au défaut des ressourses.